כיצד פועלת השיטה?

(הסבר כללי על פי ג'והן ווילקס)
בראש ובראשונה, טיפול בואן עוזר להרגיע את מערכת העצבים הסימפטטית, האחראית על הישרדות, ומעורר את מערכת העצבים הפארא-סימפטית, האחראית על ריפוי בגוף.
אצל רוב אנשי העולם המערבי (ובפרט במדינה כמו שלנו), קיים אצל אנשים מתח רב ולחץ בלתי פוסק, אפילו בשינה. במצב זה לא מתאפשר ריפוי אמיתי בגוף, מכיוון שהוא עסוק כל הזמן בהישרדות ובתפקוד למרות הבעיות.
רוב העבודה בבואן מתרחשת במוח הזוחלי (המח הקדום, שאחראי על הישרדות, קליטה ראשונית של תחושות וכן על תגובה, מנוסה וקיפאון).
חלק מתרחש באזור המח הלימבי (המרכזי, האחראי על השעונים הביולוגיים, חום הגוף, לחץ הדם וחלק מן הזכרון הארוך טווח, מנגנונים לסינון רגשות ולקביעת עצמת תגובת הלחץ שלנו).
תנועות הבואן מעבירות תדר שנעל לאורך הגוף על ידי רקמת חיבור שנקראת פאציה, שהיא למעשה משמשת כרשת תקשורת, העוטפל כל חלק בגוף (החל מסיב שריר בודד ועד איברים שלמים) ומחברת אותו לאברים השונים. בצורה זו, עבודה שנעשית במקום אחד בגוף יכולה בהחלט להשפיע גם באזורים מרוחקים.
דרכים נוספות שטיפול בואן עוזר לריפוי בגוף:
שפעול מערכת הלימפה באמצעות תנועות על בלוטות לימפה וניקוז לימפטי.
שפעול עצבים בצורה ישירהשל פריטה עליהם או בצורה עקיפה, באמצעות חיישנים שמגיבים לתנועה, מתיחה, מגע ולחץ.
מעוררת את "זכרון הרקמה" – זכרון ההטבעה הראשונית שלנו, שמאפשר "ארגון מחדש" בגוף ביחס לאזורי התפתחות ראשיים וראשוניים מבחינה התפתחותית (אמבריולוגית).
טיפולי בואן משפרים את מחזור הדם והניקוז הלימפטי, משפרים את זרימת האנרגיה ואת התנועתיות במפרקים, את מערכת הנשימה,את ספיגת המזון והפרשת הרעלים ועוד. השילוב בין כל אלו מסביר גם הוא את היעילות הייחודית לשיטה עדינה זו.